En cuanto al formato de la factura electrónica, puede ser cualquiera, siempre que el formato de expedición sea el mismo que el formato de destino, con la excepción de los proveedores a la Administración Pública, cuyo formato obligatoriamente debe ser AET-CCI.

En caso de que un certificado de firma estuviese caducado o fuese revocado, la factura no se consideraría válidamente remitida ni recibida.

Pese a la total flexibilidad que existe a la hora de seleccionar el formato de la factura electrónica, es recomendable la utilización de formatos de larga duración, como XadES-X y CadES-X.